AGD Research ID: agd0009
研究内容の概要
目的： 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血）の遺伝子プロファイリングを行うことにより、治療効果および毒性に関連する体細胞遺伝子変異、遺伝子発現ならびに遺伝子多型の同定を行う
方法： 次世代シークエンサーを用いたゲノムプロファイリング
対象： 抗悪性腫瘍薬による治療を予定している患者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| AGDS_000008 | NGS（Target Capture） | 制限共有（Type I） | 2020/10/12 |
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分子データ
| 対象 |
抗悪性腫瘍薬による治療を予定しているがん患者（ICD10：C00-D48）：507名（1018検体） 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血） 507名のうち、1名は2がん種（重複がん）の2検体、1名は原発巣と転移巣の2検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | NCCオンコパネル検査（114遺伝子） |
| Platform | Illumina [MiSeq、NextSeq] |
| ライブラリソース | がん患者の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SureSelect XT reagent KAPA Hyper Prep kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Amed Genome group sharing Database Dataset ID | AGDD_000008 |
| 総データ量 | 2 TB（fastq、bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | AGD policy |
提供者情報
研究代表者： 河野 隆志
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野
プロジェクト/研究グループ名： TOP-GEARプロジェクト
URL： UMIN 試験ID: UMIN000011141
https://upload.umin.ac.jp/cgi-open-bin/ctr/ctr_view.cgi?recptno=R000013046
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 | ゲノム創薬・医療を指向した全国規模の進行固形がん、及び、遺伝性腫瘍臨床ゲノムデータストレージの構築 | JP18kk0205004 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Feasibility and utility of a panel testing for 114 cancer‐associated genes in a clinical setting: A hospital‐based study | doi: 10.1111/cas.13969 | AGDD_000008 |
| 2 | A computational tool to detect DNA alterations tailored to formalin-fixed paraffin-embedded samples in cancer clinical sequencing | doi: 10.1186/s13073-018-0547-0 | AGDD_000008 |
