AGD Research ID: agd0078.v1
研究内容の概要
目的： 循環器病患者における心不全発症ならびに増悪機序の解明
方法： 採血後に血清分離して凍結した血液のWGS解析、miRNAシーケンシング解析、SNPアレイ解析
対象： 慢性心疾患769症例（高血圧性疾患、虚血性心疾患、肺性心疾患及び肺循環疾患、その他の型の心疾患を含む）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| AGDS_000018 | 制限共有 | 2026/10/16 |
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分子データ
| 対象 |
慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：308症例 末梢血：308検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | BWA-MEM 0.7.17-r1188 |
| マッピングクオリティ |
平均MAPQ：55.15 平均マッピング率：99.76%（duplicate除外後） |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh38/hg38（hs38DH.fa） |
| 平均カバー率（Depth） | chr1–22：38.56× |
| 変異検出方法 | GATK 4.1.4.0 |
| Amed Genome group sharing Database Dataset ID | AGDD_000029 |
| 総データ量 | 20.7 GB（vcf） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | AGD policy |
| 対象 |
慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：40症例 末梢血：40検体 |
| 規模 | miRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Filgen [GeneChip miRNA 4.0 Array] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NA |
| 断片化の方法 | NA |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | NA |
| マッピングクオリティ | NA |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh38/hg38 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | NA |
| フィルタリング | NA |
| 遺伝子数 | NA |
| Amed Genome group sharing Database Dataset ID | AGDD_000029 |
| 総データ量 | 20.7 GB（CHP） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | AGD policy |
| 対象 |
慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：665症例 末梢血：665検体 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Axiom Japonica Array v2] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Japonica Array v2 |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | NA |
| 解析方法（ソフトウェア） | NA |
| フィルタリング | NA |
| マーカー数（QC後） | NA |
| Amed Genome group sharing Database Dataset ID | AGDD_000029 |
| 総データ量 | 20.7 GB（ARR、CEL） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | AGD policy |
提供者情報
研究代表者： 後岡 広太郎
所 属 機 関： 東北大学病院 臨床研究パートナー部門
プロジェクト/研究グループ名：慢性心不全患者の病態解明・予後予測のためのゲノム・オミックス解析
URL： N/A
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現バイオバンク利活用プログラム（B-Cure） | 慢性心不全発症予防・重症化予防のための次世代医療基盤確立に向けたゲノム・オミックス解析とデータシェアリング | JP21tm0724602 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 |
