データセット ID
AGDD_000017
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 67.0 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- VCF
- 研究
- agd0016
- 公開日
- 2023-01-19
- 更新日
- 2023-01-19
- AGD Study
- AGDS_000013
解析手法
WGS
- 試料 / 対象者
- 心房細動（ICD10：I48）：547症例（BBJ登録検体）
- 健康状態罹患
- 対象者数547 (人数)
- 疾患
- 心房細動
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free HT Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM
- QC・フィルタリング
- 各サンプルにおけるバリアントcall rateの中央値: 95.6%
各バリアントにおけるサンプルcall rateの中央値: 100% - カバレッジ (深度)
- 31.4x
- バリアント数
- 29,335,901（常染色体）
914,753（X染色体 non-PAR 男性）
557,702（X染色体non-PAR 女性）
61,286（X染色体PAR） - 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)