データセット ID
AGDD_000022
- データの種類
- NGS（miRNA-seq）
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 257 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- XLSX
- 研究
- agd0029
- 公開日
- 2023-09-11
- 更新日
- 2023-09-11
- AGD Study
- AGDS_000016
解析手法
miRNA-seq
- 試料 / 対象者
- 糖尿病（ICD10：E10-E14）：120症例
入退院時血液：240検体 - 健康状態罹患
- 対象者数120 (人数)
- 疾患
- 糖尿病
- 試料説明
- 末梢血から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- QIAseq miRNA Library Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- N/A
- マッピング
- マッピング方法：Quantify miRNA 1.3、Create UMI Reads for miRNA1.1、Biomedical Genomics Analysis 23.0、CLC Genomics Workbench 23.0.1
リファレンス配列：miRBase-Release_v22 - マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- Allow length-based isomiRs；Additional upstream bases = 2、Additional downstream bases = 2、Missing upstream bases = 2、Missing downstream bases = 2、Maximum mismatches = 2
- 解析方法
- CLC genomics workbench 23.0.1（Quantify miRNA 1.3、Create UMI Reads for miRNA1.1、Biomedical Genomics Analysis 23.0）
- カバレッジ (深度)
- N/A
- 遺伝子数
- 2632（mature miRNA）
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)