データセット ID
AGDD_000023
- データの種類
- メタゲノム
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 2.1 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- FASTA
- TSV
- XLSX
- 研究
- agd0029
- 公開日
- 2023-09-11
- 更新日
- 2023-09-11
- AGD Study
- AGDS_000016
解析手法
メタゲノム
- 試料 / 対象者
- 糖尿病（ICD10：E10-E14）：200症例
入退院時の糞便：400検体 - 健康状態罹患
- 対象者数200 (人数)
- 疾患
- 糖尿病
- 試料説明
- 糞便細菌叢の16S-rRNA
- 組織便
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- 16S rRNA sequencing
- 対象領域
- 16S rDNA
- 試料の処理
- PCR
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 278 bp
- QC・フィルタリング
- DADA2
- 解析方法
- 解析パイプライン：QIIME2（version 2022.8）
ヒト配列除去：Genome Reference Consortium human build 38（GRCh38）に対して、bowtie2でマッピングした。その後マップされた配列を除去した。
細菌の同定：Greengenes2 データベース（2022.10）を学習したNaive Bayes分類器を用いて細菌の系統を同定した。 - 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)