データセット ID
AGDD_000024
- データの種類
- NGS（WGS）
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 25.4 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- CRAM
- CRAI
- VCF
- IDX
- TXT
- 研究
- agd0029
- 公開日
- 2023-09-11
- 更新日
- 2023-09-11
- AGD Study
- AGDS_000016
解析手法
WGS
- 試料 / 対象者
- 糖尿病（ICD10：E10-E14）：200症例
入院時血液：200検体 - 健康状態罹患
- 対象者数200 (人数)
- 疾患
- 糖尿病
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 151 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- BWA-MEM互換アルゴリズム（Nvidia Clara Parabricks）
- マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- GATK4デフォルト設定
- 解析方法
- GATK4互換アルゴリズム（Nvidia Clara Parabricks）
- カバレッジ (深度)
- 35x
- バリアント数
- 1,002,031,671（1検体あたり約500万個）
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)