データセット ID
AGDD_000027
- データの種類
- NGS（miRNA-seq）
メタゲノム - アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 1.5 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- FASTA
- TSV
- CSV
- 研究
- agd0029
- 公開日
- 2026-07-06
- 更新日
- 2026-07-06
- AGD Study
- AGDS_000016
解析手法
miRNA-seq
- 試料 / 対象者
- 糖尿病（ICD10：E10-E14）：256症例
入退院時血液：220症例 440検体
長期追跡時血液：50症例 50検体（入退院時の14症例、および、AGDD_000022の入退院時の36症例を含む） - 健康状態罹患
- 対象者数256 (人数)
- 疾患
- 糖尿病
- 試料説明
- 末梢血から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Small RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- QIAseq miRNA Library Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
Illumina NovaSeq X Plus - リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- N/A
- マッピング
- マッピング方法：Quantify miRNA 1.3、Create UMI Reads for miRNA1.1、Biomedical Genomics Analysis 23.0、CLC Genomics Workbench 24.0.2
リファレンス配列：miRBase-Release_v22 - マッピング品質
- N/A
- QC・フィルタリング
- Allow length-based isomiRs；Additional upstream bases = 2、Additional downstream bases = 2、Missing upstream bases = 2、Missing downstream bases = 2、Maximum mismatches = 2
- 解析方法
- CLC genomics workbench 24.0.2（Quantify miRNA 1.3、Create UMI Reads for miRNA1.1、Biomedical Genomics Analysis 23.0）
- カバレッジ (深度)
- N/A
- 遺伝子数
- 2632（mature miRNA）
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)
メタゲノム
- 試料 / 対象者
- 糖尿病（ICD10：E10-E14）：220症例
入退院時の糞便：170症例 340検体
長期追跡時の糞便：50症例 50検体 - 健康状態罹患
- 対象者数220 (人数)
- 疾患
- 糖尿病
- 試料説明
- 糞便細菌叢の16S-rRNA（V3-V4）
- 組織便
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- 16S rRNA sequencing
- 対象領域
- 16S rDNA（V3-V4）
- 試料の処理
- PCR
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina MiSeq
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- QC・フィルタリング
- DADA2
- 解析方法
- 解析パイプライン：QIIME2（version 2022.8）
ヒト配列除去：Genome Reference Consortium human build 38（GRCh38）に対して、bowtie2でマッピングした。その後マップされた配列を除去した。
細菌の同定：Greengenes2 データベース（2022.10）を学習したNaive Bayes分類器を用いて細菌の系統を同定した。 - 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)