データセット ID
AGDD_000028
- データの種類
- NGS（WGS）のバリアント頻度情報と症例情報
NGS（bulkRNA-seq）
NGS（ChIP-seq）
NGS（PIC-seq） - アクセス制限
- Type I
- 研究
- agd0081
解析手法
WGS
- 試料 / 対象者
- 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：539症例
末梢血：539検体 - 健康状態罹患
- 対象者数539 (人数)
- 疾患
- 慢性心疾患
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WGS
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq DNA PCR-Free HT Library Prep Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- N/A
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- マッピング方法：BWA-MEM 0.7.17-r1188
リファレンス配列：GRCh38 / hg38（hs38DH.fa） - リード重複除去
- SAMBLASTER 0.1.24
- マッピング品質
- 平均MAPQ：54.72
平均マッピング率：99.50%（duplicate除外後） - 解析方法
- GATK 4.1.4.0
- カバレッジ (深度)
- chr1–22：32.87x
bulkRNA-seq
- 試料 / 対象者
- 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：9症例
心組織：9検体 - 健康状態罹患
- 対象者数9 (人数)
- 疾患
- 慢性心疾患
- 試料説明
- 心組織から抽出したRNA
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- N/A
- リード長
- N/A
ChIP-seq
- 試料 / 対象者
- 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：20症例
心組織：20検体 - 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- 慢性心疾患
- 試料説明
- 心組織から抽出したDNAに対し抗H3K4me3抗体を用いた免疫沈降
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ChIP-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- N/A
- リード長
- N/A
PIC-seq
- 試料 / 対象者
- 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：20症例
心組織：20検体 - 健康状態罹患
- 対象者数20 (人数)
- 疾患
- 慢性心疾患
- 試料説明
- 心組織から分離した単一細胞より抽出したRNA
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- PIC-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- 断片化
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- N/A
- リード長
- N/A