データセット ID

AGDD_000029

Name: AGDD_000029: WGS解析より得られたバリアント頻度情報、NGS（miRNA-seq）、SNPアレイ（ジャポニカアレイによるGenotypingデータ）
Published: 2026-10-21

データの種類: WGS解析より得られたバリアント頻度情報
NGS（miRNA-seq）
SNPアレイ（ジャポニカアレイによるGenotypingデータ）
アクセス制限: Type I
総データ量: 20.7 GB
ファイル形式: VCF
TBI
CEL
CHP
ARR
研究: agd0078
公開日: 2026-10-21
更新日: 2026-10-21
AGD Study: AGDS_000018

解析手法

試料 / 対象者: 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：308症例
末梢血：308検体; 健康状態
罹患
対象者数
308 (人数)
疾患: 慢性心疾患
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
購入試料の入手元: N/A
実験方法: WGS
対象領域: N/A
試薬キット: TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
断片化: 超音波断片化（Covaris）
プラットフォーム: Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: マッピング方法：BWA-MEM 0.7.17-r1188
リファレンス配列：GRCh38/hg38（hs38DH.fa）
マッピング品質: 平均MAPQ：55.15
平均マッピング率：99.76%（duplicate除外後）
解析方法: GATK 4.1.4.0
カバレッジ (深度): chr1–22：38.56x
利用ポリシー: AGD ポリシー (AGDP_000001)

試料 / 対象者: 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：40症例
末梢血：40検体; 健康状態
罹患
対象者数
40 (人数)
疾患: 慢性心疾患
試料説明: 末梢血から抽出したRNA; 組織
末梢血
購入試料の入手元: N/A
実験方法: Expression array
対象領域: N/A
試薬キット: N/A
断片化: N/A
プラットフォーム: Affymetrix GeneChip miRNA 4.0 Array
リードタイプ: ペアエンド
リード長: 150 bp
参照ゲノム: GRCh38
マッピング: リファレンス配列：GRCh38/hg38
マッピング品質: N/A
QC・フィルタリング: N/A
解析方法: N/A
遺伝子数: N/A
利用ポリシー: AGD ポリシー (AGDP_000001)

試料 / 対象者: 慢性心疾患（ICD10：I10-I15, I20-I25, I26-I28, I30-I52）：665症例
末梢血：665検体; 健康状態
罹患
対象者数
665 (人数)
疾患: 慢性心疾患
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
購入試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
対象領域: N/A
試薬キット: Axiom Japonica Array v2
プラットフォーム: Axiom Japonica Array v2
QC・フィルタリング: N/A
解析方法: N/A
バリアント数: N/A
利用ポリシー: AGD ポリシー (AGDP_000001)