データセット ID
AGDD_000014
- データの種類
- NGS（RNA-seq）
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 1.7 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- quant.sf
- 研究
- agd0020
- 公開日
- 2023-07-28
- 更新日
- 2023-10-05
- AGD Study
- AGDS_000011
解析手法
RNA-seq
- 試料 / 対象者
- COPD（ICD10：J44.9）：50＋50症例
- 健康状態罹患
- 対象者数100 (人数)
- 疾患
- COPD
- 試料説明
- 肺気腫病変部から抽出したRNA
- 組織肺
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- Illumina Stranded Total RNA Prep, Ligation with Ribo-Zero Plus
- 断片化
- 上記キットに準拠
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 200 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- マッピング方法：Illumina DRAGEN RNA 3.9.5 pipeline
リファレンス配列：hg38_altaware_graph_based.v8 - QC・フィルタリング
- N/A
- 遺伝子数
- 全トランスクリプト：60,609
Protein coding：18,853 - 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)