データセット ID
AGDD_000015
- データの種類
- メタゲノム
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 643 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- 研究
- agd0020
- 公開日
- 2023-07-28
- 更新日
- 2023-10-05
- AGD Study
- AGDS_000011
解析手法
メタゲノム
- 試料 / 対象者
- COPD（ICD10：J44.9）：50＋50症例
- 健康状態罹患
- 対象者数100 (人数)
- 疾患
- COPD
- 試料説明
- 肺気腫病変部から抽出したDNA
- 組織肺
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Metagenomics
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- ThruPLEX DNA-Seq Kit
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- マッピング方法：Illumina DRAGEN dragen_metagenomics_krona_pipeline_v2 OUH pipeline
リファレンス配列：hg38_altaware_graph_based.v8 for human
Kraken 2 for non-human - QC・フィルタリング
- N/A
- 解析方法
- Illumina DRAGEN dragen_metagenomics_krona_pipeline_v2 OUH pipeline
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)