データセット ID
AGDD_000016
- データの種類
- bulk RNA-seq
snRNA-seq
snATAC-seq - アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 2.2 TB
- ファイル形式
- FASTQ
- BAM
- BAI
- 研究
- agd0015
- 公開日
- 2022-12-21
- 更新日
- 2022-12-21
- AGD Study
- AGDS_000012
解析手法
bulk RNA-seq
- 試料 / 対象者
- 心房細動（ICD10：I48.9）：325症例
心房筋：324検体（7症例7検体はsnRNA-seqも実施）
心室筋：138検体（1症例1検体はsnRNA-seqも実施） - 健康状態罹患
- 対象者数325 (人数)
- 疾患
- 心房細動
- 試料説明
- 生検組織より抽出したRNA
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- Nextera XT DNA Library Prep Kit
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- STAR（version 2.7.9a）
- QC・フィルタリング
- fastqc
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)
snRNA-seq
- 試料 / 対象者
- 心房細動（ICD10：I48.9）：16症例
心房筋：16検体（7症例7検体はbulk RNA-seqも実施、5症例5検体でsnATAC-seqも同時に実施）
心室筋：7検体（1症例1検体はbulk RNA-seqも実施） - 健康状態罹患
- 対象者数16 (人数)
- 疾患
- 心房細動
- 試料説明
- 生検組織から単離した核より抽出したRNA
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scRNA-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Single Cell 3' v3
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger software（ver 6.0.1）
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger software（ver 6.0.1）
- 遺伝子数
- 500–1500
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)
snATAC-seq
- 試料 / 対象者
- 心房細動（ICD10：I48.9）：5症例
心房筋：5検体（全てsingle cell RNA-seqも実施） - 健康状態罹患
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- 心房細動
- 試料説明
- 生検組織から単離した核より抽出したDNA
- 組織心臓
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
- 対象領域
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell ATAC v1.1
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- Cell Ranger ATAC software（ver 2.0.0）
- QC・フィルタリング
- Cell Ranger ATAC software（ver 2.0.0）
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)