agd0015-v1リリース情報

次世代シークエンサーを用いた心不全の発症機序の解明

目的

心房細動患者に対しカテーテルアブレーションによる洞調律維持治療が積極的に行われているが、約２０％の例においては洞調律維持が困難であり、心房細動の再発を認める例が少なくない。アブレーション時の３次元マッピングシステムを用いた双極電位波高マッピングを用いて評価される左房内の局所的な低電位領域の範囲は、心房細動再発の重要なリスク因子である。この左房内低電位領域は、心房の線維化を反映したものと考えられているが、心房筋の組織学的評価はなされていなかった。本研究は、佐賀大学医学部附属病院でアブレーションを施行する心房細動症例において、心房中隔・心室中隔から心筋生検を行うことで、組織学的所見とアブレーション後の予後の相関、心房筋の組織学的所見と心房双極電位波高との関連、次世代シークエンサーを用いて心房心筋症発症の遺伝子発現制御機構を明らかにするとともに、その誘導因子の同定を目指すものである。

研究方法

bulk RNA-seq：生検組織からNucleoSpin RNA Plus XSでtotal RNAを精製し、Smart-Seq 2 protocol を用いてcDNAを作成した。その後、Nextera XTを用いて、libraryを作成した。一部の小検体は、直接Smart-Seq 2 protocol を用いてcDNAを作成した。
single-nucleus (sn) RNA-seq：生検組織からSingulatorを用いて核抽出し、10x Chromium Single Cell 3' Regent Kit v3 でcDNAおよびlibraryを作成した。
snATAC-seq：生検組織からSingulatorを用いて核抽出し、10x Chromium Next GEM Single Cell ATAC Regent Kit v1.1 でlibraryを作成した。

対象

心房細動症例の心筋組織
bulk RNA-seq：325症例、462検体
注1）心房筋は321症例・324検体（3症例で検体重複あり）、心室筋は138症例・138検体。
注2）134症例は心房と心室の両方のデータあり、187症例は心房のみ、4症例は心室のみ。
注3）8症例・8検体はsnRNA-seqも同時に実施（心房7症例・7検体、心室1症例・1検体）。
snRNA-seq：16症例、23検体
注1）7症例で心房、心室の両方を同時に実施。
注2）8症例・8検体でbulk RNA-seqも同時に実施（心房7症例・7検体、心室1症例・1検体）。
注3）5症例・5検体でsnATAC-seqも同時に実施（全て心房、これらはbulk RNA-seqのデータなし）。
snATAC-seq：5症例、5検体
注1）全ての症例でsnRNA-seqも同時に実施。

URL

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研究代表者

小室 一成

所属機関

東京大学大学院医学系研究科 循環器内科

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