データセット ID
AGDD_000020
- データの種類
- NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像
- アクセス制限
- Type I
- 総データ量
- 733 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- TSV
- CSV
- JSON
- MTX
- CLOUPE
- HTML
- TIFF
- 研究
- agd0020
- 公開日
- 2023-07-28
- 更新日
- 2023-07-28
- AGD Study
- AGDS_000011
解析手法
Visium Spatial Gene Expression
- 試料 / 対象者
- COPD（ICD10：J44.9）：50症例
- 健康状態罹患
- 対象者数50 (人数)
- 疾患
- COPD
- 試料説明
- 肺気腫病変部切片から抽出したRNA
- 組織肺
- 購入試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Histological image
Spatial transcriptomics - 対象領域
- N/A
- 試料の処理
- Haematoxylin and eosin（H&E）staining and imaging
- 試薬キット
- Visium Spatial Gene Expression
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- 10x Genomics Visium
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- リファレンス配列：GRCh38-2020-A
- 解析方法
- Space Ranger
- 利用ポリシー
- AGD ポリシー (AGDP_000001)